前言
長久以來,親電性基團(tuán)是藥物開發(fā)中的雷區(qū),因而在以往經(jīng)典的藥物化學(xué)教材中,總會(huì)建議避免在藥物分子結(jié)構(gòu)中引入此類官能團(tuán),如環(huán)氧、吖啶、Michael受體等,因?yàn)槠渚哂械母叻磻?yīng)性,可能會(huì)與多種生物大分子相互作用,引起嚴(yán)重的毒副作用。
早前的阿司匹林、蘭索拉唑、氯吡格雷等在近年來的研究中發(fā)現(xiàn),均以共價(jià)鍵形式與靶點(diǎn)作用。受此啟發(fā),共價(jià)型藥物的開發(fā)慢慢進(jìn)入人們的視野,在抗癌、抗病毒、糖尿病等多個(gè)領(lǐng)域內(nèi)顯現(xiàn)出了非共價(jià)結(jié)合藥物難以匹及的優(yōu)勢,如療效更為持久、治療劑量更低等、不易產(chǎn)生耐藥性等。
由于共價(jià)結(jié)合和非共價(jià)結(jié)合的作用機(jī)制不同,因而在研發(fā)過程采用傳統(tǒng)的評(píng)價(jià)指標(biāo),如解離常數(shù)、IC50、EC50等,難以真正體現(xiàn)其效能與安全性,這主要是因?yàn)樗幬锓肿优c靶點(diǎn)形成共價(jià)鍵受反應(yīng)速率的影響,而非共價(jià)結(jié)合作用則僅是一個(gè)熱力學(xué)平衡過程,在短時(shí)間內(nèi)就能顯現(xiàn)出化合物的活性,采用傳統(tǒng)的評(píng)價(jià)指標(biāo)往往會(huì)造成誤判。
共價(jià)結(jié)合藥物和天然產(chǎn)物
從天然產(chǎn)物中發(fā)現(xiàn)新的藥物是新藥開發(fā)項(xiàng)目中常見的策略,而且有很多藥物都是基于這一方式發(fā)現(xiàn)的,如紫杉醇、喜樹堿、嗎 啡等,另外一種方式則是對(duì)天然產(chǎn)物進(jìn)行結(jié)構(gòu)修飾,得到效果更佳的化合物,如從水楊酸到阿司匹林,從嗎 啡到美沙 酮,據(jù)統(tǒng)計(jì),臨床上約占60%的藥物都是基于上述策略得到的。
雖然共價(jià)結(jié)合藥物是近幾年才熱門起來,在自然界中,這一概念卻并不罕見,青霉素、焦土霉素、磷霉素等一些抗生素都是以共價(jià)鍵的形式與細(xì)菌中的目標(biāo)靶點(diǎn)相互作用。利普斯他汀是一種從鏈霉菌中分離出來的胰脂酶不可逆抑制劑,基于此天然產(chǎn)物,Roche開發(fā)出新型減肥藥奧利司他,諸如此類的例子還有很多。
以上諸多天然產(chǎn)物的實(shí)例證明,共價(jià)結(jié)合作用是藥物設(shè)計(jì)中被忽視的寶地!藥物靶點(diǎn)大多數(shù)都是蛋白質(zhì),其中絲氨酸、賴氨酸、半胱氨酸、組氨酸等殘基中含有親核活性官能團(tuán)(羥基、巰基、氨基等),因而,蛋白質(zhì)可以作為一個(gè)優(yōu)良的親核體,可以與具有親電活性的基團(tuán)發(fā)生作用,形成共價(jià)鍵。對(duì)于此類化合物的設(shè)計(jì),最大的難點(diǎn)在于選擇性,否則容易引起嚴(yán)重的副反應(yīng),造成開發(fā)失敗。
目前,約30%以酶為靶點(diǎn)的藥物采用共價(jià)結(jié)合形式,主要是因?yàn)檫@一設(shè)計(jì)理念是近幾年才被接受,在此之前,活性反應(yīng)基團(tuán)是藥物設(shè)計(jì)中盡可能避免的結(jié)構(gòu)。特拉匹韋由Merck開發(fā),在2011年獲得FDA上市許可,通過與HCV蛋白酶中具有催化作用的絲氨酸殘基(羥基)形成半縮醛,抑制其活性,從而實(shí)現(xiàn)抗病毒作用。最初該化合物在標(biāo)準(zhǔn)的IC50測試中,活性很差,幾近放棄,然而在特別設(shè)計(jì)的活性測試中,則表現(xiàn)優(yōu)異,特拉匹韋的研發(fā)歷程深刻體現(xiàn)了在共價(jià)結(jié)合藥物的研發(fā)中,需要一套與傳統(tǒng)非共價(jià)結(jié)合藥物開發(fā)不同的評(píng)價(jià)方法。
另外一個(gè)比較經(jīng)典的例子是EGFR受體不可逆抑制劑阿法替尼的開發(fā)(2013年上市),其結(jié)構(gòu)中的親電活性基團(tuán)丙烯酰胺與EGFR受體活性位點(diǎn)中的半胱氨酸殘基(巰基)形成共價(jià)鍵,克服了第一代EGFR(吉非替尼、厄洛替尼等)受體抑制劑出現(xiàn)的耐藥性問題,同時(shí)對(duì)非耐藥性EGFR受體也表現(xiàn)出良好的活性。以上兩個(gè)成功的例子證明了共價(jià)結(jié)合藥物具有的潛力,另一方面,其研發(fā)過程也為共價(jià)結(jié)合藥物的發(fā)展提供了寶貴的經(jīng)驗(yàn)!
藥物—靶點(diǎn)結(jié)合歷程
與非共價(jià)結(jié)合藥物相同的是,共價(jià)結(jié)合藥物首先與靶點(diǎn)相互作用,形成藥物-靶點(diǎn)結(jié)合物,由于此歷程屬于熱力學(xué)過程,因而能夠很快的達(dá)到平衡,其親和力可以用解離常數(shù)Ki或者IC50等參數(shù)進(jìn)行描述。不同之處在于,第二步共價(jià)鍵的形成,與第一步相比,共價(jià)鍵的形成速率相對(duì)較慢,且存在一個(gè)反應(yīng)平衡常數(shù)Ki*,因而,共價(jià)結(jié)合物藥物的總體結(jié)合情況需要考慮兩個(gè)參數(shù):Ki以及Ki*。當(dāng)krea遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于krev-rea時(shí),反應(yīng)平衡常數(shù)趨向無窮大,可視為不可逆共價(jià)結(jié)合,當(dāng)krea與krev-rea相差并不是很大,即Ki*在一個(gè)合理的數(shù)值范圍內(nèi),可視為可逆共價(jià)結(jié)合。
結(jié)合機(jī)理
藥物靶點(diǎn)大多數(shù)都是蛋白質(zhì),由于其結(jié)構(gòu)中富含羥基、巰基、氨基等官能團(tuán),因而本質(zhì)上可以作為親核試劑,共價(jià)結(jié)合化合物通常在結(jié)構(gòu)中含有親電性官能團(tuán),如Michael受體,環(huán)氧、鹵素、羰基、異氰等結(jié)構(gòu),可作為親電體,兩者相互反應(yīng)形成新的共價(jià)鍵,其涉及到的反應(yīng)類型主要有以下幾種:?;磻?yīng)、烷基化反應(yīng)、Michael加成、二硫鍵化、Pinner反應(yīng)等,采用哪種共價(jià)鍵形成方式,取決于靶點(diǎn)結(jié)合位點(diǎn)的性質(zhì),總的來說,可以選擇的余地較大。
2014年,美國十大暢銷藥中,其中之一為埃索美拉唑(消旋體為奧美拉唑)。奧美拉唑在1970年代被開發(fā)出來,經(jīng)過若干優(yōu)化和臨床研究后,于1988年上市,兩年后才發(fā)現(xiàn)其質(zhì)子泵抑制作用是基于共價(jià)鍵形式的,奧美拉唑在靶點(diǎn)附近經(jīng)在酸性條件下活化,形成活性亞磺酰胺衍生物活性產(chǎn)物,然后與靶點(diǎn)中的半胱氨酸殘基(巰基)形成共價(jià)鍵,抑制胃酸的分泌。
另一個(gè)暢銷共價(jià)藥便是氯吡格雷,它需要在肝 臟內(nèi)經(jīng)P450氧化酶活化,生成含硫化合物,然后與P2Y12受體中的半胱氨酸殘基形成二硫鍵,抑制血小板凝聚。上述兩個(gè)藥物目前應(yīng)用非常廣泛,而且在最初設(shè)計(jì)的時(shí)候并不是以共價(jià)鍵作用形式,只是在后來的機(jī)理研究中發(fā)現(xiàn),是以共價(jià)鍵作用與靶點(diǎn)結(jié)合,產(chǎn)生不可逆的抑制作用。
含有氰基的化合物,通常在與蛋白中的親核性官能團(tuán)如羥基、巰基發(fā)生Pinner反應(yīng),形成亞胺酯鍵,通常該類共價(jià)鍵是可逆的,比較成功的例子如DPP4抑制劑沙格列汀和維格列汀等,用于II型糖尿病的治療。除此之外還有奧當(dāng)卡替,用于絕經(jīng)后婦女骨質(zhì)疏松癥的治療,但由于其潛在的中風(fēng)風(fēng)險(xiǎn),2016年Merck宣布放棄該化合物。
至于其他的幾種共價(jià)結(jié)合機(jī)理,如烷基化、?;ichael加成等,在此不一一列舉,其本質(zhì)都是生物大分子中的親核性基團(tuán)與藥物分子中的親電基團(tuán)進(jìn)行相互作用。
選擇性的控制
共價(jià)結(jié)合藥物的選擇性至關(guān)重要!在選擇性的問題上,目前比較常見的策略是,首先設(shè)計(jì)對(duì)目標(biāo)靶點(diǎn)具有高度選擇性非共價(jià)結(jié)合作用先導(dǎo)物,然后在此化合物的基礎(chǔ)上,進(jìn)行活性反應(yīng)官能團(tuán)的優(yōu)化設(shè)計(jì),即先找到合適的“彈殼”,然后再加裝合適的“彈頭”。
比較典型的例子如奧西替尼的開發(fā),最初得到的先導(dǎo)化合物1在體外靶點(diǎn)結(jié)合實(shí)驗(yàn)表現(xiàn)出了優(yōu)異的結(jié)合性,但是在細(xì)胞實(shí)驗(yàn)中其親和性驟降了近70倍之多,可能是因?yàn)榧?xì)胞中高濃度ATP與其競爭性的靶點(diǎn)結(jié)合所導(dǎo)致的,因而采用不可逆的共價(jià)結(jié)合作用策略,成功開發(fā)出第三代肺癌靶向藥奧西替尼,該藥于2017年獲得FDA和歐盟的上市許可,同年獲得CFDA的上市許可。
除上述提及的策略外,還可以通過人體不同組織的理化特性實(shí)現(xiàn)選擇性,如奧美拉唑,由于其需要在強(qiáng)酸性條件下才能活化,因而可以選擇性的作用于質(zhì)子泵。
另外,通過精心設(shè)計(jì)的親電性基團(tuán)也能實(shí)現(xiàn)選擇性。α-氰基取代丙烯酰胺與巰基的Michael加成為可逆過程,在特定的靶點(diǎn)中,由于其他氨基酸殘基的非共價(jià)作用,可以穩(wěn)定該加成產(chǎn)物,而其他非目標(biāo)靶點(diǎn)不能實(shí)現(xiàn)該效應(yīng),從而實(shí)現(xiàn)選擇性,當(dāng)然該策略需要有非常強(qiáng)的生物信息學(xué)支撐,否則難以實(shí)現(xiàn)。
**問題
雖然共價(jià)結(jié)合藥物設(shè)計(jì)策略目前日趨成熟,但其風(fēng)險(xiǎn)仍然不容小覷,尤其是不可逆的共價(jià)結(jié)合作用。由于小分子化合物與靶點(diǎn)形成新的共價(jià)鍵,因而會(huì)導(dǎo)致蛋白結(jié)構(gòu)的變化,存在免疫反應(yīng)的可能性,但此類報(bào)道較為罕見。脫靶效應(yīng)也是引起**的重要原因,針對(duì)此問題,提高化合物的選擇性以及較低的治療劑量是行之有效的解決方案。
小結(jié)
目前大多數(shù)的共價(jià)結(jié)合藥物集中在抗癌領(lǐng)域,但是隨著技術(shù)和理論的日趨成熟,此類藥物將在越來越多的疾病領(lǐng)域大顯身手。
參考資料
1、Cesco, Stephane De, et al. "Covalent inhibitors design and discovery." European Journal of Medicinal Chemistry 138(2017):96-114.
2、Rand M. Miller, Ville O. Paavilainen, Shyam Krishnan, Iana M. Serafimova, Jack Taunton. "Electrophilic Fragment-Based Design of Reversible Covalent Kinase Inhibitors." Journal of the American Chemical Society 135.14(2013):5298.
3、Baillie, Thomas A. "Targeted Covalent Inhibitors for Drug Design." Angewandte Chemie International Edition 55.43(2016):13408-13421.
4、Lagoutte, R, R. Patouret, and N. Winssinger."Covalent inhibitors: an opportunity for rational target selectivity." Current Opinion in Chemical Biology 39(2017):54-63.
5、Ward, R. A., et al. "Structure- andreactivity-based development of covalent inhibitors of the activating andgatekeeper mutant forms of the epidermal growth factor receptor (EGFR)." Journal of Medicinal Chemistry 56.17(2017):7025-48.
合作咨詢
肖女士 021-33392297 Kelly.Xiao@imsinoexpo.com